Theo điều tra dân số năm 2001, 79% dân số nước này thuộc về Giáo hội Công giáo La Mã.[31] Trong nửa đầu của thế kỷ XX, Giáo hội Luther có khoảng 200.000 thành viên chiếm 9% tổng dân số, nhưng nó đã giảm kể từ năm 1945. Cộng đồng Tin Lành nhỏ được phân tán khắp vùng phía bắc và phía tây của đất nước. Tín hữu và giáo sĩ bị giết, hoặc bị tra tấn hoặc bị trục xuất tới Siberia dười thời Liên Xô. Có 4,9% dân số là Chính Thống giáo (chủ yếu là sắc tộc thiểu số Nga), 1,9% là Tin Lành và 9,5% dân số không theo bất kỳ tôn giáo nào.

Trong lịch sử, Litva còn là quê hương của một cộng đồng Do Thái giáo có từ thế kỷ XVIII, với số lượng khoảng 160.000 người trước chiến tranh thế giới hai, hầu như hoàn toàn bị tiêu diệt trong vụ thảm sát Holocaust. Giờ cộng đồng Do Thái giáo chỉ còn khoảng 3.400 vào cuối năm 2010.[32]